Sobór trydencki polecał zakładanie w każdej diecezji specjalnego zakładu, mającego na celu odpowiednie przygotowanie kandydatów do kapłaństwa. Stosując się do uchwał soborowych, biskup Stanisław Zbąski podpisał 6 lutego 1686 roku akt erekcji Seminarium Duchownego w Przemyślu i powierzył prowadzenie go księżom misjonarzom św. Wincentego a Paulo. W następnym roku seminarium rozpoczęło swą działalność dydaktyczną i wychowawczą.
Trzechsetlecie istnienia tej instytucji jest ważną rocznicą. We współczesnej Polsce jedynie kilka najstarszych diecezji może się poszczycić założeniem u siebie seminariów już w 2 poł. XVI wieku. Odtąd seminarium przemyskie, przeznaczone początkowo tylko dla 6 alumnów (z czasem wzrosło do 20), funkcjonowało do 2 poł. XVIII w. Ponieważ liczba kandydatów do kapłaństwa kształcących się w seminarium okazała się rychło zbyt mała w stosunku do potrzeb diecezji, liczącej już w poł. XVI w. ponad 150 parafii, bp Wacław Hieronim Sierakowski założył w 1760 r. w Brzozowie drugie seminarium przeznaczone również na 6 kleryków i nadal powierzone księżom misjonarzom.
W 1783 r. oba seminaria diecezjalne zostały skasowane przez zaborcze władze austriackie w ramach tzw. reform józefińskich w wyniku czego kształcenie kleryków przeniesiono do Lwowa do seminarium generalnego. W 1819 r., dzięki zabiegom bpa Antoniego Gołaszewskiego reaktywowano w Przemyślu seminarium diecezjalne. W świetle ówczesnych przepisów państwowych były to dwie instytucje: seminarium – zakład wychowawczy umieszczony w budynku seminaryjnym sprzed kasaty, oraz Instytut Teologiczny zlokalizowany początkowo w pojezuickim klasztorze. Obie te instytucje były prowadzone przez księży diecezjalnych. W połowie XIX wieku zlokalizowano je w budynku seminarium, ale dualizm instytucjonalny został zachowany. Sam budynek, w związku ze wzrastającymi potrzebami ulegał w XIX i XX wiekach kilkakrotnej rozbudowie, ale i tak w ostatnim ćwierćwieczu okazał się za mały dla potrzeb dydaktycznych i pedagogicznych.
Z tych względów w latach 80-tych ubiegłego wieku rozpoczęto budowę drugiego gmachu przeznaczonego wyłącznie dla celów dydaktycznych. Oprócz sal wykładowych, gimnastycznej i auli mieszczącej ponad 400 osób, znajduje się w nim 10 pracowni naukowych wyposażonych w podręczne biblioteki. Budynek ten, dzięki Opatrzności Bożej i wysiłkowi całej diecezji, został oddany do użytku w 1988 r., tj. dokładnie w 300-lecie istnienia seminarium i bez wątpienia stanowi najbardziej godny pomnik tego jubileuszu.
Każda instytucja naukowa aspiruje do wydawania własnego periodyku, w którym jej pracownicy mogliby publikować wyniki badań naukowych. Taką inicjatywę podjął i przemyski Instytut Teologiczny, rozpoczynając w 1987 pierwszym tomem „Premislia Christiana” wydawanie swojego naukowego czasopisma. Choć w ciągu minionych 300 lat istnienia seminarium wyszło z niego kilku znanych w Polsce uczonych, jeden Święty, trzech Błogosławionych i całe szeregi księży społeczników, którzy zaznaczyli swą obecność nie tylko w dziedzinie duszpasterskiej, to przecież w działalności wydawniczej jego dorobek jest niewielki. Należy ufać, że „Premislia Christiana” będzie wypełniać ten niedostatek w najbliższych dziesiątkach lat.